Hija del rey san Edwin de Northumbría y de santa Ethelburga de Lyminge, fue bautizada por san Paulino de York. Cuando murió su padre en la batalla de Hatfield Chase, en el 633, se trasladó a Kent, tierra de origen de su madre, con esta última y el obispo san Paulino. En el 642, regresó a Northumbría y se casó con el rey Oswy de Bernicia, con la esperanza de reunificar las dos ramas de la monarquía en aquella región; se atribuyó el rol de protectora de la paz. En el 651, su marido asesinó a su primo san Oswin y Eanfleda le convenció que fundara el monasterio de Gilling, como expiación de su culpa. Aunque fue educada según la tradición celta, apoyó a san Wilfrido de York en la celebración de la Pascua según el rito romano.

   El inical apoyo de san Oswin al partido celta, con respecto a la celebración de la Pascua, supuso que en la corte real se celebrase la Pascua en dos veces, y llevó a una crisis de la Iglesia celta que terminó con la convocatoria del sínodo de Whitby. El pontífice san Vitaliano, en gratitud por su apoyo a la fecha de la Pascual romana, le regaló a Eanfleda una cruz de oro. En el 670, al quedarse viuda ingresó como benedictina en Whitby, como discípula de la abadesa santa Hilda, a la que sucedería después en el cargo. Más tarde le sucedió su hija santa Elfleda como abadesa. Durante el mandato de santa Eanfleda, el monasterio estuvo siempre a la disposición de la Iglesia de Roma.

   En este monasterio fue sepultado Oswy y su mujer trasladó también los restos de su padre. Eanfleda murió y fue sepultada junto a su marido. Sus reliquias fueron, después, trasladadas a Glastonbury con la de otros santos de Northumbría.