Nació en Prachatitz, Bohemia, en el seno de una familia artesana de lengua alemana. Al terminar sus estudios de Filosofía ingresó en el seminario de Budweis o Budejovice en 1831. La lectura de los "Anales sobre los misioneros alemanes en Estados Unidos" despertó su decisión de ir a aquellas tierras. El último curso de Teología lo hizo en la universidad de Praga, allí se encontró con el regalismo del emperador Francisco I frente a la ortodoxia romana. La crisis quedó reflejada en el "Diario" que escribió entre 1834-1838. El haberle diferido la ordenación su obispo alegando que tenía exceso de clero, hizo que Juan partiese para América, sin más ordenes que las menores y sin dinero alguno en el bolsillo, fiado sólo en la divina Providencia, y la ayuda del obispo coadjutor de Filadelfia.

   En 1836 el celo misionero le llevó a la diócesis de Nueva York, donde fue ordenado sacerdote. Luego trabajó en la región de las cataratas del Niágara entre Buffalo y Rochester, donde ejerció una gran labor dedicado a su feligresía hasta 1840; durante este tiempo descubrió muy pronto que los diferentes grupos lingüísticos necesitaban una escuela unida a la Iglesia parroquial: era el lugar de encuentro, de cultura y de evangelización. Construyó varias. El trabajo era ilusionante, pero difícil por razón de las divisiones étnicas y la lucha de las sectas, muy numerosas. Se sintió solo para llevar a cabo aquel inmenso trabajo de evangelización.

   En 1840 pidió ardientemente ser admitido en la Congregación del Santísimo Redentor. Tras cinco días de viaje infernal llegó a la casa del noviciado de Pittsburg, y tomó el hábito y en 1842 hizo su profesión religiosa en Baltimore, era la primera profesión religiosa de un redentorista en Estados Unidos. Hizo su trabajo como misionero entre los emigrantes. En 1844 fue nombrado superior de Pittsburg, y tuvo como novicio al beato Francisco Javier Seelos. De 1847 a 1849 fue superior de todos los redentoristas de Estados Unidos. Fueron años de entrega a las misiones, a las catequesis en las escuelas parroquiales, que tanto amaba, y a inculcar en sus hermanos la llamada radical a la santidad con el testimonio personal.

   En 1852, el beato Pío IX le nombró obispo de Filadelfia. Eligió como lema de su pontificado: “Pasión de Cristo, confórtame”. Juan se dedicó al ministerio de la palabra, a la educación de la juventud, a la construcción de iglesias, al decoro del culto divino y a la asistencia de los huérfanos y necesitados. Realizó tres sínodos en su diócesis; 1852, 1855 y 1858. Mantuvo una estrecha relación ecuménica con los dirigentes evangelistas que acercó la Iglesia romana a la sociedad norteamericana. Asistió al concilio de Baltimore en 1852, que adoptó como oficiales los catecismos que él había compuesto para los alemanes. En 1854 asistió en Roma a la proclamación del dogma de la Inmaculada Concepción. Fue proverbial su pobreza, de tal manera que en su funeral fue vestido con un traje nuevo por primera vez en muchos años. Murió de un infarto. Fundó las Hermanas de la Tercera Orden de San Francisco de Filadelfia en 1856. Murió en plena calle de Filadelfia. Escribió tres libros de catecismo y cartas de valor histórico. Está enterrado en la iglesia de San Pedro de Filadelfia, perteneciente a los redentoristas. Fue canonizado por el Beato Pablo VI el 19 de junio de 1977.