En abril de 1848, cuando era evidente que la masonería internacional fomentaba atentados, revoluciones y desórdenes contra el Papado y las naciones tradicionalmente católicas, Pío IX tomó distancia de las facciones más radicales de los patriotas italianos. A raiz del desencadenamiento de motines insurreccionales en Roma, se trasladó a Gaeta, mientras que en la ciudad eterna se proclamaba poco después, en 1849, la República Romana por parte de Giuseppe Mazzini, Carlo Armellini e Aurelio Saffi. Las iglesias fueron saqueadas mientras Mazzini se incautaba de obras de arte, propiedad de la Iglesia, para pagar a la masonería británica que había anticipado el dinero necesario para tomar Roma.

   Gracias a la intervención de las tropas francesas, la República romana cayó y el Papa pudo volver a la capital en 1850. Desde entonces, el Pontífice puso en marcha una política de intransigencia («Non possumus») hacia las exigencias del poder laico, convirtiéndose en el adversario más acérrimo del ala anticlerical de la masonería.

   En 1854, proclamó el dogma de la Inmaculada Concepción y, en el primer Concilio Vaticano (1869_70), el dogma de la infalibilidad papal. En 1864, promulgó la encíclica «Quanta cura», con el anexo del «Sillabus», una lista de enseñanzas prohibidas, con la que la iglesia condenaba los errores del momento y conceptos liberales e iluministas. Con la llegada de la unidad de Italia, el último papa_rey se vió desposeido de las regiones de la Romaña (1859), Umbría, las Marcas (1860) y, en 1870, la misma Roma, con la conocida toma de Porta Pia, el 20 de septiembre, que marcó el fin del poder temporal de los papas.

   Desde entonces, la masonería italiana celebra su propia fiesta anual, justamente el 20 de septiembre, en recuerdo de la victoria contra la Iglesia. Los documentos antimasónicos del Pontificado de Pío IX son unos 124 y se subdividen en 11 encíclicas, 61 cartas breves, 33 discursos y alocuciones y documentos de varios dicasterios eclesiásticos. Según Pío IX, todos los males que se abatieron en aquél tiempo sobre la Iglesia y sobre la sociedad provenían del ateismo y del cientismo del siglo XVII, postulado por la masonería y exaltado por la Revolución Francesa. En la encíclica «Qui pluribus» (9/10/1849), Pio IX habla de «hombres ligados por una unión nefanda» que corrompen las costumbres y combaten la fe en Dios y en Cristo postulando el naturalismo y el racionalismo y, sobre todo, poniendo en marcha el conflicto entre ciencia y fe. Otro error atribuido a este círculo de pensadores es el hablar de progreso como un mito y contraponerlo a la fe.

   Ante estas acusaciones precisas, la Masonería reaccionó con un desdén violento. En primer lugar, convocó un «Anticoncilio masónico, Asamblea de librepensadores» con la idea de liderar un movimiento internacional dedicado a combatir sin tregua al Vaticano. Entre los escritos que se difundieron para esta convocatoria masónica, había uno que decía «El Anticoncilio quiere luz y verdad, quiere ciencia y razón, no fe ciega, no fanatismo, no dogmas, no hogueras. La infalibilidad papal es una herejía. La religión católica romana es una mentira; su reino es un delito».

   En esta situación de beligerancia contínua, Pío IX no perdió el ánimo y siguió su trabajo para compactar la Iglesia en torno a un principio de unidad. Atribuyó gran importancia a la espiritualidad popular, a la relación con los santos, especialmente a María a través del reconocimiento de las apariciones de La Salette y de Lourdes. Dió impulso a procesiones, peregrinaciones y todas las formas de piedad popular. En 1870, inauguró un nuevo modo de elección de obispos y prelados, elegidos no ya preferentemente entre los notables sino entre los sacerdotes comunes, allí donde se manifestasen los méritos pastorales. Su popularidad creció enormemente. Fue obstinado en no aceptar ningún arreglo con el Estado italiano. Murió el 7 de febrero de 1878, pero la masonería trató de perseguirlo encarnizadamente incluso tras la muerte. En la noche del 12 al 13 de julio de 1881, su féretro fue trasladado del Vaticano al cementerio del Verano. La masonería organizó una manifestación irreverente, con lanzamiento de piedras, imprecaciones, blasfemias, y canciones vulgares y obscenas, contra el cortejo fúnebre, que a su vez respondía con la recitación del rosario, los salmos, el oficio de difuntos y pías jaculatorias.

   El culmen de la agresión tuvo lugar cuando el cortejo fúnebre pasó por el puente Sant'Angelo. Al grito de «¡muerte al Papa, muerte a los curas!», un grupo de desalmados trató de arrojar el cadáver de Pío IX al Tíber. Pero los católicos apretaron las filas en torno a los restos mortales del pontífice y rechazaron el ataque. A la luz de estos acontecimientos, el reconocimiento de la virtud heroica del nuevo beato hace justicia a una persona de gran espesor humano y a un gran Papa. 

   Pio IX fue beatificado el 30 de Septiembre del 2000.  La causa de beatificación de Pío IX fue una de las más largas y difíciles de la historia de la Iglesia. Fue puesta en marcha por Pío X, el 11 de febrero de 1907. Relanzada, por Benedicto XV, sin gran éxito, y también Pío XI animó el proyecto. Tras la segunda guerra mundial, la instructoría canónica fue reiniciada por Pío XII, el 7 de diciembre de 1954. Con Pablo VI la causa experimentó importantes avances: se completó la «positio», es decir, la recogida de las actas del proceso canónico, el análisis de la vida del candidato a la santidad, los interrogatorios de los testigos y las evaluaciones de los historiadores y de los teólogos.

   El decreto sobre el ejercicio heroico de las virtudes teologales y cardinales fue promulgado por la Congregación para las Causas de los Santos, el 6 de julio de 1985, y aprobado por Juan Pablo II. Entre las virtudes del Pontífice, figuran el amor sin reservas por la iglesia, la caridad y la gran estima por el sacerdocio y los misioneros. El milagro atribuido a Pío IX, verificado por la Consulta de médicos el 15 de enero de 1986, es la curación inexplicable de una religiosa francesa.