Nació en Yunquera, Málaga, en el seno de una familia de labradores. Ingresó en el Seminario en el curso 1925-1926, a la edad de trece años. Juan quería mucho al Seminario, como permanentemente pudieron constatar sus padres y sus hermanos.  Y en una ocasión muy señalada, cuando, después de la quema de iglesias y de conventos en Málaga en mayo del 1931, se planteó la necesidad de regresar al Seminario y su padre le pidió que aplazara su vuelta hasta que la situación política se normalizase, Juan Duarte fue de los valientes que volvieron al Seminario.

   Reconociendo su capacidad, en los últimos cursos se le encomendó la tarea de prefecto de los seminaristas menores, educador de ellos. Era alegre y sencillo, de lo cual tuvieron constancia los niños del catecismo de la parroquia de la Victoria y los de Yunquera. Era muy notable su profunda vocación apostólica.

   El 1 de julio de 1935 recibió el Subdiaconado; de la noche anterior tenemos una plegaria a la que él alude en una emotiva carta al Obispo el beato Don Manuel González: "¡Con qué ganas me pongo en brazos de la Iglesia y con qué ganas le pido al Señor que me quite la vida si no he de servirla con la alegría que inunda mi alma el día que a ella me entrego!".  Al año siguiente fue ordenado diácono en la Catedral de Málaga, el 6 de marzo de 1936. Cualidades sobresalientes de Duarte eran su arrojo y valentía, pese a ciertas apariencias de timidez.

   Su detención ocurrió el 7 de noviembre, por la delación de alguien que, tras un registro fallido llevado a cabo en su casa, le vio asomarse a una pequeña ventana para respirar aire puro después de varias horas, sin luz ni ventilación, en una pequeña pocilga que le había servido de escondite.

   Cuando los milicianos pegaron en la puerta, sólo se encontraban en casa su madre y él. De su casa le llevaron al calabozo municipal, y de allí, con los otros dos seminaristas, sobre las cuatro de la tarde, lo trasladaron a El Burgo, donde quedaron sus dos compañeros, martirizados en la noche del 7 al 8, mientras Juan fue llevado, por la carretera de Ardales, hasta álora.
En Álora, fue llevado primeramente a una posada y, después, a la Garipola o calabozo municipal, en el que durante varios días fue sometido a torturas sin cuento, con las que pretendían forzarle a blasfemar. Pero él siempre respondía: "¡Viva el Corazón de Jesús!" o "¡Viva Cristo Rey!".

   Las torturas y humillaciones a las que fue sometido en la Garipola fueron muy variadas: desde palizas diarias, introducción de cañas bajo las uñas, aplicación de corriente eléctrica en su genitales, (en una ocasión llegó a avisar que el cable se habría debido desconectar de la batería, porque no sentía la corriente) hasta paseos por las calles entre burlas y bofetadas con el mismo objetivo. De la Garipola lo llevaron a la cárcel, que entonces se encontraba en la Plaza Baja, hoy Plaza de la Iglesia. Allí se inició el sádico proceso de mortificación, psíquico y físico, que habría de llevarle al fin hasta la muerte.

   Empezó este proceso introduciendo en su celda a una muchacha de 16 años, con la misión expresa de seducirle y aparentar luego que la había violado. Como este atropello no dio el resultado apetecido, uno de los milicianos, con la colaboración de otros, se acercó a la cárcel y con una navaja de afeitar le castró y entregó sus testículos a la tal muchacha, que los paseó por el pueblo. Realizada esta salvaje acción, cuando Juan Duarte recuperó el conocimiento, sólo preguntaba a los demás presos que estaban en la misma celda: "Pero, ¿qué me han hecho, qué me han hecho?".

   Como la indignación de mucha gente de Álora aumentaba por días y la actitud de Juan Duarte se hacía más provocadora -pues con serenidad preguntaba a sus verdugos si no se daban cuenta de que lo que le hacían a él se lo estaban haciendo al Señor-, los dirigentes del Comité decidieron acabar con él proporcionándole una muerte horrenda. Esta muerte se llevó a cabo en la noche del día 15 de noviembre. Lo bajaron al Arroyo Bujía, a kilómetro y medio de la estación de Álora, y allí a unos diez metros del puente de la carretera, lo tumbaron en el suelo y con un machete lo abrieron en canal de abajo a arriba, le llenaron de gasolina el vientre y el estómago y luego le prendieron fuego.

   Durante este último tormento, Juan Duarte sólo decía: "Yo os perdono y pido que Dios os perdone... ¡Viva Cristo Rey!". Las últimas palabras que salieron de su boca con los ojos bien abiertos y mirando al cielo fueron: "¡Ya lo estoy viendo... ya lo estoy viendo!". Los mismos que intervinieron en su muerte contaron luego en el pueblo que uno de ellos le interpeló: "¿Qué estás viendo tú?". Y acto seguido, le descargó su pistola en la cabeza. Pocos meses después, el 3 de mayo, su padre, hermanos y otros familiares se presentaron en Álora para exhumar su cuerpo, fácil de encontrar bajo la arena, pues había sido enterrado por unos vecinos a tan poca profundidad que su hermano José, como él mismo contó, con sólo escarbar con sus manos, topó enseguida con sus restos.