Un espíritu de rebelión sopló sobre el mundo después del retiro de Celestino y de la entronización de Bonifacio VIII. Los "espirituales" franciscanos afirmaban que la abdicación de Celestino V era nula y que, por consiguiente, el nuevo Papa no era legítimo. La misma tesis era defendida por los Colonna y el rey de Francia, Felipe el Hermoso. Bonifacio condenó el "Evangelio eterno", y los "espirituales" acusaron al Papa de haber traicionado el espíritu de Cristo y el Orden evangélico.

   Japone de Todi era uno de los adversarios de Bonifacio y en sus llameantes poemas atacó al Papa y a la Universidad de París, cuyos sabios destruían en el mundo la herencia espiritual de Asís. Jacopone fue arrestado y permaneció cinco años en la cárcel. Decenios más tarde esta polémica iba a tener como consecuencia la separación de los franciscanos en "conventuales" y seguidores de la "estricta observancia", separación todavía existente.

   Todo aquel imponente movimiento, brotando del anhelo general hacia una vida pura y honesta y en contra del lujo, de la riqueza y de la corrupción que reinaba en muchos corazones, culminó en el libro de Dante, obra clave de la Edad Media, expresión del mismo espíritu de pureza en busca de la perfección, en la que el Poverelli di Dio aparece en el paraíso y Bonifacio en el infierno, claro símbolo de la manera en que los hombres del siglo juzgaban a los grandes de su tiempo.

   Dante había conocido a Bonifacio, mientras representó a Florencia en una embajada que la ciudad del Arno envió a Roma, en 1301. Gibelino, convencido de que el Imperio Universal era la forma ideal para que el mundo viviera en paz y de que el emperador era independiente ante al Papa, Dante defendía una tesis imposible de llevar a la práctica, ya que el Imperio había perdido su fuerza y el rey de Francia estaba sustituyéndole en nombre de un sistema político, el de la monarquía nacional, que pronto sería el de toda Europa y que excluía la idea de la universalidad temporal. El conflicto entre el rey de Francia y Bonifacio estalló sin tardar. Bonifacio estalló sin tardar. Bonifacio soñaba con la supremacía universal de la Iglesia, según la doctrina de Gregorio VII y la de Inocencio III.

   El rey Felipe el Hermoso, inspirado en las ideas dantescas de su consejero Pierre Du Bois, se veía como jefe de una monarquía universal, triste esbozo del absolutismo y de las tiranías modernas. En el fondo de su alma el nuevo Papa tenía todas las razones, ya que, a través de su sueño universal, pensaba esteblecer la concordia entre los príncipes, entre Francia e Inglaterra sobre todo, y convocar una nueva cruzada. Como la guerra contra Inglaterra se apoyaba materialmente en los fondos eclesiásticos, el clero pidió la mediación del Papa para defender sus bienes. Con la Bula Clericis laicos, de 1296, el Papa prohibía, bajo pena de excomunión, recibir o pagar impuestos sobre los bienes eclesiásticos. Alemania e Inglaterra aceptaron la bula, pero el rey de Francia prohibió a los viajeros que salían de Francia exportar cualquier cantidad de dinero, aun si se pensaba realizar con él obras de piedad para la Santa Sede. El conflicto parecía inminente, cuando el Papa consiguió mejorar las relaciones, dirigiendo dos cartas amables a Felipe el Hermoso. En 1300, Bonifacio organizó el primer Jubileo de la Iglesia, al que, sin embargo, no asistió ningún soberano de importancia.

   El Papa, ante el impresionante número de peregrinos, pensó llamar a todos a una nueva cruzada. Un nuevo conflicto estalló con Francia, al publicarse en aquel país una falsa bula pontifical y una falsa contestación del rey en la que el Papa era insultado. Felipe contestó convocando en seguida los estados generales, en los que, al lado de la nobleza y el clero, aparecía por primera vez la burguesía, el tiers état. A pesar de sus provocacionies, Felipe no pudo insistir en su actitud, ya que el ejército flamenco, apoyado por los ingleses, derrotaba en Courtray a la caballería francesa. La bula Unam Sanctam empeoró otra vez las relaciones con Francia. El poder espiritual aparecía como único llamado a instaurar el temporal y de juzgarle cuando éste dejaba de ser bueno. La bula no traía ninguna novedad con respecto a las anteriores, pero aparecía en aquellas circunstancias como el manifiesto de una nueva monarquía universal, de acuerdo con las frases pronunciadas por el Papa en Roma, en ocasión del año jubilar.

   Aconsejado por Guillermo de Nogaret, el rey decidió apoderarse de la persona del Papa, llevarlo a Francia y hacerlo juzgar por un tribunal nacional. La expedición fue preparada, desde el mes de marzo de 1303, por Nogaret, y algunos de los Colonna, enemigos del Papa, refugiados en Francia. Ya habían empezado a organizarse en París manifestaciones para preparar la opinión pública con la idea de la reunión del concilio nacional, cuando Bonifacio, enterado de lo que se tramaba, redactó la bula Super Petri solio, lista para ser publicada el 8 de septiembre, y en la que que excomulgaba al rey y se desligaba a sus súbditos del juramento de fidelidad a la corona. Nogaret pasó en seguida a la acción, y el 7 de septiembre apareció en Anagni, donde residía el Papa. Sciarra Colonna acompañaba al consejero del rey.

   Salvo dos cardenales (Pedro de España y Boccasini), todo el mundo abandona a Bonifacio, que esperó a sus enemigos en la sala del trono, llevando en las manos las llaves y la cruz. "Ya que hesido abandonado como Jesucristo (dijo), prienso morir como un Papa".  Los invasores insultaron al Sumo Pontífice, y, según los cronistas, Nogaret le abofeteó. A todo esto contestó humilde: "Aquí está mi cuello, aquí mi cabeza". Durante tres días Bonifacio fue torturado y amenazado, con el fin de obtener de él la convocatoria del concilio nacional, el mismo que iba a condenarle. Mientras tanto, el cardenal Boccasini pudo alertar al pueblo, que se alzó, atacó a los franceses, hirió a Nogaret y ahuyentó a la banda de los Colonna.

   El Papa pudo regresar a Roma, donde falleció un mes más tarde, el 11 de octubre de 1303. Pocos años después de Anagni, el rey Felipe se apoderaba del Papa y daba comienzo a lo que se llama en la historia de la Santa Sede "el cautiverio de Babilonia". Durante setenta años el poder pontifical no fue más que un instrumento en manos del poder temporal. Puede afirmarse que en aquel momento terminaba la Edad Media.