Hijo de un médico de nombre Juan, del pueblo marso de la provincia y ciudad de Valeria, fue nombrado diácono bajo el pontificado Gregorio I, recibiendo el cargo de dispensador, nombre que recibía el funcionario jefe encargado de la administración de patrimonios.

   Tras casi nueve meses desde la muerte de Bonifacio III fue elegido papa, siendo consagrado en 608, el 25 de agosto (segúnDuchesne) o el 15 de septiembre (según Jaffé). Su muerte es establecida el 8 de mayo o el 25 de mayo del año 615 por las dos autoridades indicadas líneas arriba.

   Durante su pontificado consiguió, del emperador Focas, el permiso para convertir el Panteón de Roma, construido por Agripa en honor a Júpiter, Venus y Marte, en un templo cristiano que fue consagrado el 13 de mayo del 609, a la Virgen María y a todos los santos. Este fue el primer templo pagano transformado para el culto cristiano, y según cuenta la tradición, veintiocho grupos de huesos de mártires fueron trasladados de las catacumbas y colocados bajo el altar mayor.

   Otro hecho relevante ocurrido bajo su pontificado fue que el rey de los lombardos Agilulfo convenciera al misionero irlandés San Columbano para que remitiera al papa una carta en la que acusaba al pontífice de herético por admitir el Quinto Concilio Ecuménico celebrado en Constantinopla en el 553, y exhortándolo a la convocatoria de un concilio en el que demostrara su ortodoxia. Asimismo es de destacar que durante el reinado de Bonifacio IV Mahoma comenzó su predicación en La Meca.